Metotreksaati kasutatakse nii põletikuliste haiguste kui kasvajaliste haiguste ravis. Põletikuliste haiguste, nt erinevate artriitide, psoriaasi ja põletikulise soolehaiguse ravis tuleb metotreksaati võtta 1 kord nädalas. Kasvajaliste haiguste korral on annus suurem ning ravimit manustatakse sagedamini, kuid tsükliliselt. On esinenud juhtumeid, et põletikuliste haigustega patsiendid on metotreksaati võtnud või on neile seda ekslikult määratud igapäevaselt, mis on viinud tõsiste tagajärgedeni (sh surmaga lõppenud juhud).