Geenivaramu idee algusest on tänaseks ligikaudu 20 aastat. Projekti idee sündis 1999. aastal. Riigikogu võttis inimgeeniuuringute seaduse vastu 13. detsembril 2000 ning see jõustus 2001. aastal.. Üks selle eesmärke oli koguda eestlaste geeniproove, et saada ülevaade tervisenäitajatest ja kasutada tulemusi rahva tervise parandamiseks. Esimesel kogumisel ca üheksa aasta eest saadi kokku 52 000 doonori proovid ehk ligi 5% Eesti täiskasvanud elanikkonnast. Umbes 2010. aastast on geenivaramu kogutud andmeid uurinud ja publitseerinud nende pealt sadu teadusartikleid, avastanud seoseid geenivariantide ja haiguste vahel.