Molekulaardiagnostika labor on oluline peamiselt eelnimetatud viirushaiguste puhul, labori testid on vajalikud haiguse prognoosimisel, viirusvastase ravi määramisel ja jälgimisel, antiretroviirusravimite ravi vastuse hindamisel ning HIV-nakatunute ja aidsihaigete jälgimisel ja uurimisel. Labor asub IVKH Puru hoone polikliiniku II korrusel.
Ida-Viru Keskhaigla molekulaardiagnostika labori seadmetesse on investeeritud 3,4 miljonit krooni. 2 miljonit krooni laekus tagastamatu välisabina projekti «Nakkushaiguste diagnoosimise ja ravivõimaluste kaasajastamine Ida-Viru Keskhaiglas» toetuseks Norrast, ülejäänud raha leidis haigla oma eelarvest.