Fibromüalgia puhul on tegemist mittepõletikulise muskuloskeletaalse häirega, mis ilmneb inimesel laialdase kroonilise tsentraalse valusündroomina, mille aluseks on neuroendokriinne düsregulatsioon. Lisaks esinevad düsauto shy;noo shy;mia nähud, mis väljenduvad eriti sümpaatilise närvisüsteemi hüperaktivatsioonis. Nendel haigetel on muutusi erinevate hormoonide pro shy;duktsiooni ööpäevases rütmis. Oluliselt väiksemad on kortisooli kontsentratsioonid 24tunnises ööpäevases rütmis. Muutused on hüpofüüsi–türeoidisüsteemi funktsioonis, türotropiini produtseeritakse mõnevõrra vähem. Samuti on kasvuhormooni produktsioon oluliselt väiksem: seda toodetakse mitteväärtuslikul uneperioodil vähem.
Erinevad muutusedSamuti esinevad muutused neurotransmitterite ainevahetuses, esmajärjekorras serotoniini ainevahetuses, kuid probleeme on ka dopamiinergilistes süsteemides ja katehoolamiinide ainevahetuses.