Iga aasta viib Eesti Perearstide Selts koostöös Eesti Haigekassaga läbi perearstikeskuste kvaliteedi hindamise eesmärgiga hinnata kvaliteedijuhtimissüsteemi rakendamist. 2019. aasta kvaliteedi hindamise tulemuste ja kvaliteedijuhtimise eest maksab haigekassa perearstikeskustele üle miljoni euro lisatasu.