Aastal 1984 sai Jackson Los Angeleses Pepsi-Colale reklaami tehes põletusvigastusi, kui eriefektide tarvis mõeldud tossupommiga midagi untsu läks. Lauljale tehti pea piirkonnas mitmeid operatsioone. Tugevad valuvaigistid muutsid ta ajapikku ravimisõltlaseks ning selleks jäi ta elu lõpuni.
1980ndail aastail olevat Jacksonil olnud aga autoimmuunhaigus lupus. Hiljem räägiti küll, et haigus ei olevat progresseerunud. Samuti on talle tehtud mitmeid plastilisi operatsioone, mille käigus on muudetud tema nina ja lõua kuju.Aastal 1990 sattus Jackson haiglasse valude tõttu rinnas. 1993. aasta augustis jättis ta vedelikukaotuse tõttu ühe kontserdi ära ja sama aasta novembris katkestas tuuri ravimisõltuvuse tõttu. Samal ajal süüdistati lauljat ka laste ahistamises.1993. aastal rääkis Jacksoni nahaarst Arnold Klein, et lauljal on haruldane nahahaigus vitiligo, mis põhjustab pigmendi kadumist. Nahale ilmuvad valged laigud ja ajapikku võib nahk üleni valgeks muutuda. Tegemist on taas autoimmuunhaigusega. Haiguse põhjust ei teata, kuid on kindel tegemist on päriliku haigusega. Ka Jacksoni vanaisa ja õde põevad sama tõbe.1995. aasta detsembris viidi Jackson kiiremas korras haiglasse New Yorgis Beaconi teatri proovidest. Staar oli ilmselt vedelikukaotuse ja madala vererõhu tõttu laval kokku kukkunud.Samal ajal kui kohus vaagis 2005. aasta juunis laulja lasteahistamise süüasja, lamas Jackson ise korduvate seljavalude tõttu haiglas.Läinud aasta lõpus tiirelnud kuulduste kohaselt oli Jackson taas haige ja vajas haruldase päriliku kopsu laienemist põhjustava haiguse tõttu kopsusiirdamistSelle aasta mais levisid kuuldused nagu oleks lauljal nahavähk. Jacksoni esindaja lükkas need väited siiski ümber.25. juunil Michael Jackson suri, kuid kõmu tema surma asjaolude ümber vaevalt enne vaibub, kui on teada ka teise lahkamise tulemused.