Mullu toimunud regulaarsete tervisekontrollide käigus vaatasid kooliõed läbi 12 998 õpilast, mis moodustab 32,64% kogu õpilaste arvust. Tervete laste osakaal moodustas 30,9% läbivaadatuist. Olulisemate terviseprobleemidena kerkivad esile rühihäired, nägemisteravuse langus, üle- ja alakaalulisus, kõrgenenud vererõhk. Mullu jäi rühihäirete osakaal samaks, kuid nägemisteravuse langus on pidev tendents, olles tõusnud 21,6%-le võrreldes 2010. aasta 18,7-ga. Ülekaaluliste õpilaste arv pole kasvanud, küll on suurenenud alakaaluliste õpilaste hulk. Pisut on langenud kõrgenenud vererõhuga õpilaste osakaal.
Terviseprobleemidega õpilaste pöördumiste arv oli eelmise aastaga suurenenud 33 039-lt 40 397-le, peamisteks põhjusteks pea- ja kõhuvalud, väsimus, unetus või traumad. 2012. aastal vähenes koolis toimunud raskete õnnetusjuhtumite ja vigastuste arv (764-lt 477-le). Enim traumasid toimub endiselt kehalise kasvatuse tunnis ja vahetunnis.