Meditsiinilinnaku teise etapi üks tähtsamaid eesmärke on moodsa onkoloogiakeskuse rajamine, mille keerukaim osa on kiiritusraviosakond. Samuti luuakse kaasaegne taristu sisekliinikule, silmakliinikule, kardiokirurgia osakonnale. Kaasaegse töökeskkonna ja funktsioonist tulenevalt parima asukoha saavad ka mitmed olulised meditsiinilised teenistused – labor, haiglaapteek, patoloogiateenistus.
Maarjamõisa meditsiinilinnaku II ehitusjärgu hoonete (J-, K- ja L-korpuste) brutopind on ligikaudu 39 000 ruutmeetrit, see peab valmima 2015. aasta sügiseks.