Esialgu pidi II ehitusjärk, millega tegelemist alustati 2008. aasta detsembris, valmis saama juba 2013. aasta keskel, ehitus pidi algama 2011. aasta suvel.
Meditsiinilinnaku teise ehitusjärgu üks tähtsamaid eesmärke on moodsa onkoloogiakeskuse rajamine, mille keerukaim osa on kiiritusraviosakond. Samuti luuakse kaasaegne keskkond sisekliinikule, silmakliinikule, kardiokirurgia osakonnale. Kaasaegse töökeskkonna ja funktsioonist tulenevalt parima asukoha saavad ka mitmed olulised meditsiinilised teenistused – labor, haiglaapteek, patoloogiateenistus.