T-rakkude koordineeritud küpsemine tüümuses on üks kesksetest moodustest, millega hoitakse ära autoimmuunsust. Seal õpetatakse lümfotsüütidele vahet tegema kehaomastel ja võõrastel antigeenidel. Antud protsess on suuresti kontrollitud tüümuse säsi epiteelirakkude (mTEC – medullary thymic epithelial cells) poolt, mis esitavad arenevatele T-rakkudele suurt hulka koespetsiifilisi antigeene, millest paljude ekspressioon on kontrollitud Autoimmuunregulaatori (AIRE) geeni poolt.